Die Schülerinnen und Schüler sind in jahrgangsübergreifenden Lerngruppen aktiv. Das fördert neben dem gemeinsamen Lernen auch das soziale Miteinander und ermöglicht ein Patensystem.

Grundstufe: 5 Lerngruppen der Jahrgangsstufe 1 bis 4: Regenbogenstein, Kristall, Glockenblume, Sonnenschein, Sternschnuppe wurden die Gruppen benannt.

Mittelstufe: 3 Lerngruppen der Jahrgangsstufe 5 bis 6: Insiders, Sharks und Klostergeister.

Erdkinderstufe: 3 Lerngruppen des Jahrgangsstufe 7 und 8: Green Apple, Chilis und Freaks.
Mehr zu den Besonderheiten des Erdkinderplans: Erdkinderhaus

Oberstufe: 2 Lerngruppen der Jahrgangsstufe 9 und 10, die Gruppen gaben sich die Namen Big Brain und Donuts.

Oberstufe II:  Mit Montessori bis zum Abitur – dank der Zusammenarbeit mit der Montessori-Oberschule München ist dies für unsere Schülerinnen und Schüler seit 2008 möglich. Die Montessori-Schule Dietramszell ist Gesellschafter der MOS. Abgänger der Monti-Dietramszell sowie der anderen Gesellschafterschulen werden vorrangig an der MOS aufgenommen.